ÜLEVAADE | Mida me teame SARS-CoV-2 omikroni variandi kohta? Omikroni ülevaate 2. osa

Loe ka omikroni tüve käsitleva ülevaate esimest osa siit.

Omikroni käsitleva ülevaate esimeses osas keskendusin omikroni mutatsioonidele ning võimele vältida olemasolevat vaktsineerimise või põdemisega saavutatud immuunsust. On selge, et kaks viisi saavutada omikroni suhtes tugevaim võimalik kaitse on kolme doosiga vaktsineerimine või põdemine koos vaktsineerimisega. Nüüd teen ülevaate hetketeadmistest selle kohta, kuidas omikron levib, millist haigust see tekitab ning kas olemasolevad ravimid omikroni korral aitavad.

Kiire levik

Omikroni ülikiire levik on purustanud nakatumise rekordeid kõikjal maailmas (1). LAV Gautengi provintsi andmete põhjal on omikron 37% nakkavam kui varasem nakatamisliider delta ja 100% nakkavam kui Wuhanist tulnud SARS-CoV-2 viirus (2). Teistel andmetel levib omikron isegi üle kahe korra kiiremini kui delta, kusjuures omikroni juhtude kahekordistumise aeg on 2,5-4,6 päeva. SARS-CoV-2 originaalviiruse nakatumiskordaja R0 oli 2,5 ning deltavariandil (B.1.617.2) alla 7. Hinnanguliselt võib omikroni R0 ulatuda kümneni – seda siis, kui ei oleks eelnevat immuunkaitset ega viiruse levikut tõkestavaid meetmeid (3).

Esimestes riikides, kus omikron laialt levis (Lõuna-Aafrika Vabariik (LAV), Ühendkuningriik, Taani, Norra), on kõigis hea varasema immuunsuse foon kas põdemise või vaktsineerimisega saavutatud, ometi sai omikron seal eksponentsiaalse kiirusega levida. On hinnatud, et omikron levib vaktsineeritud või põdenud inimeste hulgas umbes sama kiiresti kui Wuhanist pärit originaalviirus levis vaktsineerimata inimeste seas (4-9).

Perekondlike nakatumiste risk on omikroniga kolm korda tõenäolisem kui deltaga (10). Perekondlike nakatumiste varal on Taanis näidatud, et vaktsineerimine aitab viiruse levikut tõkestada, kolm doosi annab nakatumise eest parema kaitse kui kaks doosi (11).

Omikroni kiire levik paneb löögi alla ka viirustõrje meetmed. Kontaktide kaardistamine ja „koroonadetektiivide“ töö töötab hästi, kui nakkuste vahele jääb umbes nädalane periood. Praeguse 2-3 päeva puhul on paratamatu, et kontaktide jälitamine jääb ruttu lootusetult ajast maha ja viiruse leviku tõkestamisel tuleb toetuda teistele vahenditele (8).

Miks omikron nii kiiresti levib? Nähtavasti eelistab uus variant veidi teisi rakkusid kui varasemad. Hong Kongi teadlased näitasid, et 24 tunniga suutis omikron paljuneda ülemiste hingamisteede rakkudes 70 korda rohkem kui deltavariant või viiruse originaalvariant. Samal ajal paljunes omikron alumiste hingamisteede rakkudes kümme korda väiksema efektiivsusega kui originaalviirus (12). Ka laboris kokku pandud omikroni pseudoviirus on rakukultuurides osutunud teistest variantidest nakkusohtlikumaks (13). Kiire kõrge viiruskoormuse saavutamine ülemistes hingamisteedes võib anda selge levikueelise, muutes nakatunu kiiremini nakkusohtlikuks.

Omikron on suutnud vallandada mitmeid päris muljetavaldavaid koldeid. Oslos jõulupeol nakatus omikroniga 111 pidutsejast 81, kusjuures enne pidu olid kõik osalejad teinud kiirtesti (9). Sarnaselt 2020. aasta kevadele on tõenäoliselt just omikron enam kui 70 kruiisi- ja mereväelaeval tekkinud puhangute põhjustaja, ometi on kruiisidel reisimiseks kohustuslik eelnev vaktsineerimine ja negatiivse PCR-testi tulemus (14). USA Haiguste Ennetamise ja Tõrje Keskus (CDC) on välja andnud soovituse kruiisilaevu vältida, sõltumata vaktsineeritusest (15).

Omikroni tekitatud COVID-19

WHO murettekitava variandi määratluse aluseks on kolm tunnust: kiirem levik, immuunkaitsest läbi tungimine ja raskem haigus. Kui omikronil esimesed kaks on selgelt olemas, siis kolmanda osas on olukord segasem.

Omikroni eripärad rakkude nakatamise osas toovad kaasa viiruse vähenenud „huvi“ alumiste hingamisteede rakkude suhtes ja seega piirdub haigus suurema tõenäosusega vaid ülemiste hingamisteedega. Epidemioloogilisi andmeid veel napib, kuid mitmed loomkatsed on näidanud, et omikroniga nakatatud katseloomadel tekib kopsupõletikku ja tõsiseid hingamisteede muutusi vähem kui delta või D614G variantidega (12, 16-18). Omikroniga nakatunud katseloomadel oli vähem raskele haigusele viitavaid tunnuseid (kaalukaotus), nad paranesid kiiremini, viiruskoormus alumistes hingamisteedes oli neil madalam, samuti surid nad COVID-19 tõttu vähem (18-21).

Üks võimalik selgitus omikroni väiksema patogeensuse kohta on viiruse väiksem võime vältida interferooni tekitatud reaktsioone rakkudes (22). Interferoonid on tsütokiinid, mis mängivad rolli rakusiseses infovahetuses. Kui viirus või mõni muu kehavõõras aine rakkusid stimuleerib, sekreteerivad rakud reaktsioonina interferooni. Interferoon stimuleerib nakatunud rakke ja nende ümbruses paiknevaid rakke tootma valkusid, mis takistavad viirustel rakkude sees paljunemast. Seega pidurdavad interferoonid viiruste paljunemist ning omikronil on deltaga võrreldes väiksem võime interferooni mõju vältida.

Omikroni tekitatud sümptomaatikat ja hospitaliseerimisi lahti harutades tuleb silmas pidada, et omikron läks nii LAV-s (23, 24), Inglismaal (25, 26) kui Taanis (27) levima noortel inimeste hulgas, kes on raskest haigusest vähem ohustatud. Samuti on kõigis neis riikides hea immuunkaitse tase, mis on saavutatud LAV-s varasemate põdemiste ja riskigruppide vaktsineerimisega; Inglismaal, Taanis ja Norras eeskätt vaktsineerimisega. Praegu ei ole veel väga head arusaamist, kuidas käitub omikron vaktsineerimata riskipatsientide hulgas – selliseid inimesi on Eestis praegu umbes 40 000. Lisaks on LAV-s praegu suvi. Selle kõige tõttu on raske aru saada, kas viirus on ise vähem virulentne või on tegemist laiaulatusliku immuunfooni mõjuga ja viiruse levikuga nooremates elanikkonna segmentides.

Omikroni tekitatud COVID-19 peiteaeg on keskmiselt kolm päeva (28). Omikroniga nakatunutel on kergemad sümptomid kui deltaga haigestunutel ja mitmed on asümptomaatilised (29). Sümptomid näivad varasematest COVID-19 sümptomitest erinevat, esineb tugev väsimus ja tahhükardia (30), samuti kurguvalu, ninakinnisus, kuiv köha ja lihasevalu, eriti alaseljavalu (31). Lõhnataju- ja maitsetaju kaotust esineb omikroniga harvem – 40-50% varasemate variantidega ja 12-23%-l omikroniga (9, 32-33). Oslo jõulupeol nakatunutest peaaegu kõigil tekkis vähemalt üks sümptom ja pooltel esines palavik (9).

Hospitaliseerimised ja surmad

Esimesed andmed LAV-st viitasid, et kuigi haiglatesse sattus palju SARS-CoV-2 viirusega patsiente, ei olnud paljud neist hospitaliseeritud COVID-19 tõttu, vaid koroonaviirus oli juhuleid (34-36). COVID-19 tõttu hospitaliseeriti LAV-s neljanda (omikroni) laine ajal 2-5% ja varasematel perioodidel 11-19% kõigist positiivse PCR-testiga inimestest (24). Omikroniga hospitaliseeritute hulgas oli raskeid juhtusid 29%; teisel ja kolmanda laine ajal vastavalt 60 ja 67%. Seega oli omikroni laine ajal hospitaliseeritutel 73% väiksem tõenäosus haiguse raskeks kuluks võrreldes eelnenud lainetega (37).

Ka mujal on leitud, et omikroniga nakatunutel on varasemaga võrreldes EMO visiite 15-50% vähem (38-40) ja hospitaliseerimisi 36-80% vähem (38-42). Omikroniga hospitaliseeritud on olnud nii LAV-s, Inglismaal kui USA-s nooremad kui varasemate lainete ajal – pole selge, kas põhjuseks on viiruse levik noorte hulgas või on omikron kuidagi noorte suhtes agressiivsem (35, 38, 43-44).

Omikroniga hospitaliseeritud on haiglas lühemat aega – keskmiselt 2,8 päeva omikroniga, varem on see olnud keskmiselt 8,5 päeva (35, 37, 44). Samuti vajavad nad vähem hapnikravi ja intensiivravi (35, 37, 40, 44).

Kuigi omikroni kohta on meil kõige enam andmeid piirkondadest, kus on hea varasema immuunsuse foon, on isegi seal suurem osa haiglaravi vajanutest (erinevates riikides u 75-84%) vaktsineerimata (31, 34, 35, 43). Vaktsineerimine kaitseb omikroniga hospitaliseerimise eest ja efekt on doosist sõltuv – ühe doosiga saadav kaitse on võrdlemisi kasin, kolme doosiga juba isegi üle 80% (39).

Ka surmasid on omikroniga vähem. Näiteks LAV-s haiglaravi vajanutest suri omikroniga 7%, varasemate lainete puhul 23%. Samas olid COVID-19 tõttu surnud nooremad – novembris suri seal neli inimest vanuses 26-36 aastat ja viis üle 60-aastast (35). Ühe LAV kindlustusandja andmetel olid neli omikroni tõttu surnut vanuses 58-91 aastat, kõik tõsiste kaasuvate haigustega ja kolm neist olid vaktsineerimata (43). Inglismaa esimesed 57 omikroniga surnut olid vanuses 41-99 aastat ja nad surid keskmiselt viiendal päeval pärast testimist (vahemikus 0-14 päeva) (39).

Lapsed

Laste kohta käivad andmed on vastuolulised. LAV-s leiti, et kuigi laste sümptomid olid enamasti kerged, oli neil 20% suurem tõenäosus omikroniga hospitaliseerimiseks võrreldes esimese lainega (31). Omikroni tõttu hospitaliseeritud neljal lapsel olid haiglaravi põhjusteks bronhioliit ja pneumoonia, mitmel koos raskete seedetrakti sümptomite ja dehüdratatsiooniga (31, 45).

Seevastu Ühendkuningriigis vajavad kooliealised lapsed (5-17-aastased) omikroni tõttu hospitaliseerimist umbes poole vähem kui deltaga (39).

USA-s levivad praegu käsikäes omikron ja delta. Nende kahe koosmõjul on ka laste haiglaravi vajadus kiirelt kasvanud – paljudes osariikides umbes poole võrra, aga New Yorkis lausa neljakordistunud. Pole veenvat tõendust, et omikron oleks lastele ohtlikum kui varasemad variandid – laste suur hospitaliseerimine võib peegeldada viiruse leviku kõrget intensiivsust elanikkonna hulgas. Suurem osa haiglaravi vajavatest lastest ja teismelistest on vaktsineerimata, kusjuures näiteks New Yorkis on vaktsineerimata laste osakaal haiglaravi vajajate hulgas (77%) suurem kui samaealise tavapopulatsiooni hulgas (36%) (46-47).

USA-s üle 14 000 omikroni laine alguses nakatunu seas oli alla 18-aastaseid lapsi 28%. Alla viieaastaste hulgas vajas deltalainega võrreldes omikroni laine alguses väiksem osakaal nakatunutest EMO-külastusi ja hospitaliseerimist. Sarnased trendid esinesid ka teistes laste vanusegruppides (40).

Järeldused omikroni leviku ja haiguse kohta

Asjaolu, et omikron nakatab probleemideta nii vaktsineeritud, tõhustatud, põdenud kui immuunkaitseta inimesi, toob kaasa mitmeid järeldusi. Esiteks ütleb suurte arvude seadus, et kui omikron viib haiglasse väikse vaid protsendi nakatunutest, tähendab väga suure nakatunute arvu juures isegi väike protsent siiski suurt hulka inimesi. Kui kõik korraga raskelt haigestuvad ja haiglaravi vajavad, võib see haiglate võimekuse ummistada. USA-s, kus delta ja omikron paralleelselt levivad, on Rahvuskaart jälle mitmel pool haiglatesse appi suunatud ning intensiivravi vajavate haigete arvud tõusevad mitmel pool pandeemia seniste rekordite kõrgusse (48).

Teiseks tähendab suur nakatunute hulk ka väga suurt lähikontaktsena karantiinis püsivaid inimesi. LAV-s oli detsembri alguses 18% tervishoiutöötajatest omikroniga nakatunud (49). USA-s San Diegos Scrippsi ülikoolis on 15% personalist nakatunud või isolatsioonis (50). Ja mitte ainult meditsiin – puuduvad töökäed võivad kaose tuua igas valdkonnas. Terve majandus sõltub tervete inimeste olemasolust.

Viimane, kuid mitte vähem tähtis osa COVID-19 võrrandist on nn pikk COVID, mille kohta omikroni puhul pole veel midagi teada.

Ravimid

Arvestades suuri muutusi omikroni välises kujus, on arusaadavalt tõstatunud ka küsimus COVID-19 raviks kasutatavate preparaatide tõhususest.

Monoklonaalsete antikehade vaatest ei ole lugu ilus – suurem osa testitud monoklonaalseid antikehi on omikroniga kohtudes efektiivsuse kas täielikult või väga oluliselt kaotanud. Praktiliselt kasutuks on muutunud bamlanivimab ja etesevimab (tootja Eli Lilly), regdanvimab (tootja Celltrion) ja ilma brändinimedeta AB-3467, LY-CoV016/LY-CoV555 kombinatsioon, REGN-CoV2 kombinatsioon, AZD1061/AZD8895 kombinatsioon, BRII-196, ADG10 ja ADG30. Märkimisväärselt (sadades kordades) on efektiivsust kaotanud tixagevimab cilgavimab (tootja AstraZeneca, brändinimi Evusheld), kasirivimab ja indevimab (tootja Regeneron, brändinimed REGEN-COV ja Ronapreve) ja eksperimentaalne ADG20. Jätkuvalt toimivad sotrovimab, mille efektiivsus on langenud kolm korda (tootja GlaxoSmithKline, brändinimi Xevudy) ning antikehad VIR7831 ja DXP-604 (51-58).

Väikesemolekuliste viirusvastaste ravimite mõju omikroni tulekuga pole muutunud. Remdesiviir, molnupiraviir (tootja MSD, brändinimi Lagevrio), nirmatrelviir (tootja Pfizer, brändinimi Paxlovid), GS-441524 ja EIDD-1931 annavad omikroni korral vähemalt katseklaasiuuringutes samasuguse efekti nagu varasemate variantidega (22, 59-60). Raske või kriitilise COVID-19 raviks kasutatavad põletikuvastased ravimid (näiteks kortikosteroidid või interleukiin 6 retseptori blokeerijad) tõenäoliselt efektiivsust ei kaota, kuna nende sihtpunktiks ei ole viirus ja seega mutatsioonid neid ei häiri.

Omikroni põdemine annab kaitse varasemate variantide eest

Varasem COVID-19 põdemine ei kaitse omikroniga nakatumise eest, korduvnakkusi tekib palju kiiremas tempos kui varem (61). Üllatusena on aga selgunud, et omikroni põdemine annab kaitse varasemate variantidega nakatumise eest. Omikroni põdenud patsientidel on leitud lai spekter viiruse varasemaid variante neutraliseerivaid antikehi (62-64) ja erinevate variantidega reageeriv T-rakuline immuunvastus (63, 65). Varem vaktsineeritud inimesed, kes omikroni läbimurdenakkuse said, suutsid delta vastu luua parema neutraliseeriva reaktsiooni kui ainult omikroni läbi põdenud vaktsineerimata inimesed (62).

Uued vaktsiinid ja tulevik?

Vaktsiinide tootjad on kõik öelnud, et omikroni-spetsiifilised mRNA-põhised vaktsiinid võivad valmis olla juba märtsiks (63), adenoviirusvektorit kasutavad vaktsiinid parimal juhul kuue kuu pärast (64). Vaktsiinitootjad on juba varem teinud variandi-spetsiifilisi vaktsiine alfa, beeta, delta ning alfa+beeta kombinatsiooni vastu ja korraldanud nendega kliinilisi uuringuid.

Kas omikron on meie tee pandeemiast välja endeemilise SARS-CoV-2 levikuni? Praegu on veel vara öelda. Kuni pole teada, kuidas käitub omikron vaktsineerimata riskipatsientidel ning kuidas on lood nn pika COVID-iga, tasub viiruse levikut võimalikult palju tõkestada ja ühiskondlikku immuunkaitse fooni kõrgel hoida. Omikron tekitab haiglaravi vajadust ja surmajuhtusid vähem kui varem, kuid see ei ole veel kaugeltki tavaline hooajaline koroonaviirus. Oluline on vältida suuri tõkestusi ühiskonna toimimises suure nakatumise laine tagajärjel.

Omikron näitab, et pandeemia pole veel kaugeltki läbi. Kõigi kõrgtehnoloogiliste vahendite kõrval ei maksa unustada, et meil on viirusega võitlemiseks väga head võimalused: maskide kandmine, distantsi hoidmine, suletud ruumide vältimine, hea testimine ning käte hügieen. Need peaksid omikroni puhul olema efektiivsed samamoodi nagu varasemate variantide korral.

Viited

1. https://ourworldindata.org/coronavirus
2. Yang W, et al. SARS-CoV-2 transmission dynamics in South Africa and epidemiological characteristics of the Omicron variant. medRxiv. 2021 Dec 21. doi: 10.1101/2021.12.19.21268073. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.19.21268073v1
3. Burki TK. Omicron variant and booster COVID-19 vaccines. Lancet Respir Med. 2021 Dec 17;S2213-2600(21)00559-2. doi: 10.1016/S2213-2600(21)00559-2. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00559-2/fulltext
4. WHO. Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States. 2021 Dec 23. https://www.who.int/publications/m/item/enhancing-readiness-for-omicron-(b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-member-states
5. Bedford T. @trvrb. Twitter. https://twitter.com/trvrb/status/1467245887357210624
6. Pearson CAB. @cap1024. Twitter. https://twitter.com/cap1024/status/1466840869852651529
7. Zhang S. Omicron’s Explosive Growth Is a Warning Sign. The Atlantic. 2021 Dec 9. https://www.theatlantic.com/health/archive/2021/12/omicron-spread-infection-severity/620948/
8. Abdool Karim SSA, et al. Omicron SARS-CoV-2 variant: a new chapter in the COVID-19 pandemic. Lancet. 2021 Dec 11;398(10317):2126-2128. doi: 10.1016/S0140-6736(21)02758-6. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02758-6/fulltext
9. Brandal LT, et al. Outbreak caused by the SARS-CoV-2 Omicron variant in Norway, November to December 2021. Euro Surveill. 2021 Dec;26(50). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101147. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101147#f1
10. UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical briefing 32. 2021 Dec 17. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1042688/RA_Technical_Briefing_32_DRAFT_17_December_2021_2021_12_17.pdf
11. Lyngse FP, et al. SARS-CoV-2 Omicron VOC Transmission in Danish Households. medRxiv. 2021 Dec 27. doi: 10.1101/2021.12.27.21268278. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.27.21268278v1
12. Chan MCW, et al. SARS-CoV-2 Omicron variant replication in human respiratory tract ex vivo. Nature Portfolio in review. 2021 Dec 22. doi: 10.21203/rs.3.rs-1189219/v1. https://www.researchsquare.com/article/rs-1189219/v1
13. Garcia-Beltran WF, et al. mRNA-based COVID-19 vaccine boosters induce neutralizing immunity against SARS-CoV-2 Omicron variant. medRxiv. 2021 Dec 14. doi: 10.1101/2021.12.14.21267755. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.21267755v1/
14. Gregory T, et al. The C.D.C. tells travelers to avoid cruises, regardless of vaccination. New York Times. 2021 Dec 30. https://www.nytimes.com/2021/12/30/travel/cdc-cruises.html
15. Centers for Disease Control and Prevention. COVID-19 and Cruise Ship Travel. https://wwwnc.cdc.gov/travel/notices/covid-4/coronavirus-cruise-ship
16. Abdelnabi R, et al. The omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 variant of concern does not readily infect Syrian hamsters. bioRxiv. 2021 Dec 26. doi: 10.1101/2021.12.24.474086. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.24.474086v1
17. Meng B, et al. SARS-CoV-2 Omicron spike mediated immune escape, infectivity and cell-cell fusion. bioRxiv. 2021 Dec 22. doi: 10.1101/2021.12.17.473248. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.17.473248v2
18. McMahan K, et al. Reduced Pathogenicity of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Hamsters. bioRxiv. 2022 Jan 03. doi: 10.1101/2022.01.02.474743. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.02.474743v1
19. Bentley EG, et al. SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 Variant leads to less severe disease than Pango B and Delta variants strains in a mouse model of severe COVID-19. bioRxiv. 2021 Dec 30. doi: 10.1101/2021.12.26.474085. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.26.474085v2
20. Diamond M, et al. The SARS-CoV-2 B.1.1.529 Omicron virus causes attenuated infection and disease in mice and hamsters. Res Sq. 2021 Dec 29;rs.3.rs-1211792. doi: 10.21203/rs.3.rs-1211792/v1. https://www.researchsquare.com/article/rs-1211792/v1
21. Zimmer C, et al. Studies Suggest Why Omicron Is Less Severe: It Spares the Lungs. New York Times. 2021 Dec 31. https://www.nytimes.com/2021/12/31/health/covid-omicron-lung-cells.html
22. Bojkova D, et al. Reduced interferon antagonism but similar drug sensitivity in Omicron variant compared to Delta variant SARS-CoV-2 isolates. bioRxiv. 2022 Jan 04. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.03.474773v1
23. Kupferschmidt K, et al. How bad is Omicron? Some clues are emerging. Science. 2021 Dec 10;374(6573):1304-1305. doi: 10.1126/science.acx9782. https://www.science.org/content/article/how-bad-omicron-some-clues-are-emerging-and-they-re-not-encouraging
24. Collie S, et al. Effectiveness of BNT162b2 Vaccine against Omicron Variant in South Africa. N Engl J Med. 2021 Dec 29. doi: 10.1056/NEJMc2119270. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2119270
25. UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical briefing 33. 2021 Dec 23. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1043807/technical-briefing-33.pdf
26. Ferguson N, et al. Report 49 - Growth, population distribution and immune escape of Omicron in England. 2021 Dec 16. https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-49-Omicron/
27. Eric Topol. @EricTopol. Twitter. https://twitter.com/EricTopol/status/1473706959073423367
28. Jansen L, et al. Investigation of a SARS-CoV-2 B.1.1.529 (Omicron) Variant Cluster - Nebraska, November-December 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2021 Dec 31;70(5152):1782-1784. doi: 10.15585/mmwr.mm705152e3. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm705152e3.htm
29. Cookson C, et al. Omicron: What we know about Covid strain prompting fresh global restrictions. Financial Times. 2021 Dec 20. https://www.ft.com/content/42c5ff3d-e676-4076-9b9f-7243a00cba5e
30. Thornycroft P, et al. South African doctor who raised alarm about omicron variant says symptoms are ‘unusual but mild’. Telegraph. 2021 Nov 27. https://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and-disease/south-african-doctor-raised-alarm-omicron-variant-says-symptoms/
31. Discovery Health, South Africa’s largest private health insurance administrator, releases at-scale, real-world analysis of Omicron outbreak based on 211 000 COVID-19 test results in South Africa, including collaboration with the South Africa. Pressiteade. 2021 Dec 14. https://www.discovery.co.za/corporate/news-room
32. Ibekwe TS, et al. Systematic Review and Meta-analysis of Smell and Taste Disorders in COVID-19. OTO Open. 2020 Sep 11;4(3):2473974X20957975. doi: 10.1177/2473974X20957975. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7488903/
33. Moyer MW. What Are the Symptoms of Omicron? New York Times. 2021 Dec 21. https://www.nytimes.com/2021/12/21/well/live/omicron-variant-symptoms-covid.html
34. Jassat W, et al. DATCOV: Hospital surveillance for COVID-19 Tshwane Metro resurgence Week 46 ending 27 November 2021. https://sacoronavirus.co.za/2021/11/29/datcov-hospital-surveillance-for-covid-19-tshwane-metro-resurgence-week-46-ending-27-november-2021/
35. Abdullah F, et al. Decreased severity of disease during the first global omicron variant covid-19 outbreak in a large hospital in tshwane, south africa. Int J Infect Dis. 2021 Dec 28;S1201-9712(21)01256-X. doi: 10.1016/j.ijid.2021.12.357. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S120197122101256X
36. Vogel G, et al. Early lab studies hint Omicron may be milder. But most scientists reserve judgment. Science. 2021 Dec 20. doi: 10.1126/science.acz9887. https://www.science.org/content/article/early-lab-studies-hint-omicron-may-be-milder-most-scientists-reserve-judgment
37. Jassat W. Clinical Severity of COVID-19 Patients Admitted to Hospitals in Gauteng, South Africa During the Omicron-Dominant Fourth Wave. Preprint Lancet. 2021 Dec 29. doi: 10.2139/ssrn.3996320. https://ssrn.com/abstract=3996320
38. Ferguson N, et al. Report 50 - Hospitalisation risk for Omicron cases in England. 2021 Dec 22. https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-50-severity-omicron/
39. UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical briefing: Update on hospitalisation and vaccine effectiveness for Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529). 2021 Dec 31. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1044481/Technical-Briefing-31-Dec-2021-Omicron_severity_update.pdf
40. Wang L, et al. Comparison of outcomes from COVID infection in pediatric and adult patients before and after the emergence of Omicron. medRxiv. 2022 Jan 02. doi: 10.1101/2021.12.30.21268495. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.30.21268495v1
41. Wolter N, et al. Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 Omicron variant in South Africa. medRxiv. 2021 Dec 21. doi: 10.1101/2021.12.21.21268116. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.21.21268116v1
42. Sheikh A, et al. Severity of Omicron variant of concern and vaccine effectiveness against symptomatic disease: national cohort with nested test negative design study in Scotland. Preprint. 2021 Dec 22. https://www.politico.eu/wp-content/uploads/2021/12/22/Scottish-Severity-Study.pdf
43. Kew J. Omicron Symptoms Far Milder Than First Three Waves: South Africa Expert. NDTV. 2021 Dec 09. https://www.ndtv.com/world-news/omicron-symptoms-far-milder-than-first-three-waves-south-africa-expert-richard-friedland-2643760
44. Christensen PA, et al. Early signals of significantly increased vaccine breakthrough, decreased hospitalization rates, and less severe disease in patients with COVID-19 caused by the Omicron variant of SARS-CoV-2 in Houston, Texas. medRxiv. 2022 Jan 04. doi: 10.1101/2021.12.30.21268560. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.30.21268560v2
45. Mia Malan. @miamalan. Twitter. https://twitter.com/miamalan/status/1470684370755371013
46. Jacobs A. Omicron Is Not More Severe for Children, Despite Rising Hospitalizations. New York Times. 2021 Dec 28. https://www.nytimes.com/2021/12/28/health/omicron-kids-hospitalizations.html
47. New York Department of Health. Increase in COVID-19 Pediatric Hospitalizations Across New York State. 2021 Dec 24. https://health.ny.gov/press/releases/2021/docs/2021-12-24_health_advisory.pdf
48. Eric Topol. @EricTopol. Twitter. https://twitter.com/EricTopol/status/1478453000397934595
49. Bateman C. Alarm as almost 20% of South Africa’s healthcare workers contract Covid. Mail & Guardian. 2021 Dec 09. https://mg.co.za/coronavirus-essentials/2021-12-09-alarm-as-almost-20-of-south-africas-healthcare-workers-contract-covid/
50. Eric Topol. @EricTopol. Twitter. https://twitter.com/EricTopol/status/1478741341538377729
51. Cameroni E, et al. Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift. bioRxiv. 2021 Dec 14. doi: 10.1101/2021.12.12.472269. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v2
52. Cao Y, et al. Omicron escapes the majority of existing SARS-CoV-2 neutralizing antibodies. bioRxiv. 2021 Dec 22. doi: 10.1101/2021.12.07.470392. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.07.470392v2
53. Aggarwal A, et al. SARS-CoV-2 Omicron: evasion of potent humoral responses and resistance to clinical immunotherapeutics relative to viral variants of concern. medRxiv 2021 Dec 15. doi: 10.1101/2021.12.14.21267772. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.21267772v1
54. Dejnirattisai W, et al. Omicron-B.1.1.529 leads to widespread escape from neutralizing antibody responses. bioRxiv. 2021 Dec 22. doi: 10.1101/2021.12.03.471045. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.03.471045v2
55. Planas D, et al. Considerable escape of SARS-CoV-2 Omicron to antibody neutralization. Nature. 2021 Dec 23. doi: 10.1038/d41586-021-03827-2. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03827-2
56. Liu L, et al. Striking antibody evasion manifested by the Omicron variant of SARS-CoV-2. Nature. 2021 Dec 23. doi: 10.1038/d41586-021-03826-3. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03826-3
57. Preclinical studies demonstrate sotrovimab retains activity against the full combination of mutations in the spike protein of the Omicron SARS-CoV-2 variant. Pressiteade. 2021 Dec 07. https://www.gsk.com/en-gb/media/press-releases/sotrovimab-retains-activity
58. Wilhelm A, et al. Reduced Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron Variant by Vaccine Sera and Monoclonal Antibodies. medRxiv. 2021 Dec 13. doi: 10.1101/2021.12.07.21267432. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.07.21267432v4
59. Vangeel L, et al. Remdesivir, Molnupiravir and Nirmatrelvir remain active against SARS-CoV-2 Omicron and other variants of concern. bioRxiv. 2021 Dec 28. doi: 10.1101/2021.12.27.474275. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.27.474275v1
60. Pfizer Announces Additional Phase 2/3 Study Results Confirming Robust Efficacy of Novel COVID-19 Oral Antiviral Treatment Candidate in Reducing Risk of Hospitalization or Death. Pressiteade. 2021 Dec 14. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-announces-additional-phase-23-study-results
61. Pulliam JRC, et al. Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa. medRxiv. 2021 Dec 02. doi: 10.1101/2021.11.11.21266068. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.11.21266068v2
62. Khan K, et al. Omicron infection enhances neutralizing immunity against the Delta variant. medRxiv. 2021 Dec 27. doi: 10.1101/2021.12.27.21268439. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.27.21268439v1
63. Zhou R, et al. Vaccine-breakthrough infection by the SARS-CoV-2 Omicron variant elicits broadly cross-reactive immune responses. bioRxiv. 2021 Dec 28. doi: 10.1101/2021.12.27.474218. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.27.474218v1
64. Bekliz M, et al. Neutralization of ancestral SARS-CoV-2 and variants Alpha, Beta, Gamma, Delta, Zeta and Omicron by mRNA vaccination and infection-derived immunity through homologous and heterologous variants. medRxiv. 2021 Dec 31. doi: 10.1101/2021.12.28.21268491. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.28.21268491v1
65. Keeton R, et al. SARS-CoV-2 spike T cell responses induced upon vaccination or infection remain robust against Omicron. medRxiv. 2021 Dec 28. doi: 10.1101/2021.12.26.21268380. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.26.21268380v1
66. Pfizer and BioNTech Provide Update on Omicron Variant. Pressiteade. 2021 Dec 08. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-provide-update-omicron-variant
67. Nuki P. If a new vaccine is needed for the omicron variant, how long will it take to arrive? Telegraph. 2021 Nov 26. https://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and-disease/new-vaccine-needed-omicron-variant-long-will-take-arrive/