Mida on teada SARS-CoV-2 delta (India) variandi kohta?

Viiruse variant B.1.617 ilmus avalikkuse ette esmakordselt Indias 2020. aasta detsembris, selle varasem versioon juba oktoobris. India variandil on tegelikult kolm alatüüpi, millel on mõnevõrra erinevad mutatsioonid: B.1.617.1 (kapa), B.1.617.2 (delta) ja B.1.617.3 (millele kreeka tähestiku nomenklatuuri järgi pole tähte antud). Domineerivaks on neist kujunenud delta variant B.1.617.2, millele käesolev artikkel keskendubki.

Maikuus toimunud India karm koroonaviiruse laine oli põhjustatud mitme erineva variandi poolt – Delhi ja Punjabi piirkonnas domineeris esmalt alfa (B.1.1.7, Suurbritannia või Kenti) variant, Lääne-Bengalis väiksemat edu saavutanud India kohalik B.1.618 variant ning Maharashtra piirkonnas domineeris delta (B.1.617, India) variant; Lääne-Bengalis saavutas B.1.617 hiljem domineeriva positsiooni, tõrjudes B.1.618 välja (1).

Praeguseks on delta variant levinud üle kogu maailma. Ka kõrge vaktsineerimisega hõlmatusega Suurbritannias kardetakse, et ollakse kolmanda laine alguses, sel korral just India variandiga. Näib, et vaktsineerimata inimeste hulgas levib delta variant kiiremini kui alfa ja praeguseks ongi delta Ühendkuningriigis juba domineeriv variant, mis on põhjustanud suuri puhanguid koolides (2).

Viiruse delta variant on Maailma Terviseorganisatsiooni poolt 10. mail 2021 klassifitseeritud muret tekitavaks (variant of concern), samasse kategooriasse kuuluvad ka alfa (B.1.1.7, Ühendkuningriigi ehk Kenti), beeta (B.1.351, Lõuna-Aafrika) ja gamma (P1, Brasiilia) variandid.

Muret tekitavaks klassifitseeritakse variandid kolme tunnuse põhjal: kergem transmissioon ehk suurem nakkusohtlikkus, raskema haiguse tekitamine ning põdemise või vaktsineerimisega saavutatud immuunsusele mitte allumine (escape).

Mutatsioonid ja omadused

SARS-CoV-2 delta variandil on kaheksa mutatsiooni ogavalku kodeerivas regioonis, neist kolm on samad, mis on teistele muret tekitavatele variantidele andnud levikueelise (eeskätt L452R, E484Q, aga ka P681R). Mutatsioon L452R aitab viirusel ka olemasoleva immuunsuse eest varjuda (3).

Hinnanguliselt on delta variant umbes 50% nakkavam kui alfa variant (4), mis omakorda on umbes 60% nakkavam kui Wuhanist pärit „metsik“ viiruse originaalvariant (5). Ka nakkuse ülekande määr (secondary attack rate) on delta variandil kõrgem kui alfa variandil (6).

Uus variant siseneb kergemini inimese kopsu- ja soolestikurakkudesse, kuigi selle sisuline tähtsus pole teada (7). Väikse arvu hamstritega läbi viidud uuringus leiti, et B.1.617 variandiga nakatatud loomadel oli suurem kehakaalu langus, kopsudes rohkem põletikumuutusi ja verejookse kui teiste variantidega nakatatud loomadel (8).

Hiinast on kuulda, et delta variandiga nakatunud haigestuvad kiiremini ja raskemini, neil on rohkem palavikku ning raskete või kriitiliste juhtude osakaal võib ulatuda 12%-ni (9). Inglismaalt on viiteid, et delta variandiga on hospitaliseerimisi üle kahe korra rohkem kui alfa variandiga (6).

Põdemisega või vaktsineerimisega saavutatud immuunsus

Laboriuuringud näitavad, et delta varianti suudavad vaktsineeritute veres olevad antikehad neutraliseerida, kuigi viiruse originaalvariandiga võrreldes väiksema tõhususega. Kõige rohkem uuringuid on Pfizer/BioNTechi vaktsiini kohta. Kõigis uuringutes on vaktsineerimisega saadud antikehad delta variandi eest kaitsnud, kuigi vähem kui originaalvariandi vastu, millega võrreldes on vaktsiini efektiivsus langenud 67% või teistpidi lugedes on neutraliseerivaid antikehi vaja 3-6 korda rohkem (7, 10, 11 12). Üldiselt jääb kaitse-efektiivsuse langus umbes samasse suurusjärku nagu beeta (Lõuna-Aafrika) variandi puhul (11).

Inglismaal tekitas kahe doosi Pfizer/BioNTechi vaktsiiniga vaktsineerimine kõigil uuritavatel neutraliseerivad antikehad kõigi SARS-CoV-2 variantide vastu, välja arvatud 3% uuritavatest, kelle seerumis puudus aktiivsus delta variandi ning 5% uuritavatest, kelle seerumis puudus aktiivsus beeta (Lõuna-Aafrika) variandi suhtes. Suurem aktiivsus originaalviiruse suhtes tähendas ka suuremat aktiivsust muret tekitavate beeta ja delta variantide vastu. Siiski oli neutraliseerivate antikehade tõhusus delta variandi suhtes 5,8 ja beeta variandi suhtes 4,9 korda madalam. Ajapikku antikehade ja neutraliseerivate antikehade tase langes, nii metsiku viiruse kui ka variantide suhtes (11).

Katseklaasiuuringute tulemusi ei saa pärisellu päris üks-ühele ekstrapoleerida, kuna antikehadel põhinev immuunsus pole ainus, mis inimorganismis kaitse eest vastutab. Esimesed andmed viiruse leviku kohta päriselus on ka juba olemas. Kuigi Suurbritannias saavutab delta variant üha suuremat osakaalu, püsib nakatumine vaktsineeritud inimeste hulgas stabiilselt madalal, mis on muidugi julgustav (13). Ka suurem osa hospitaliseerimist vajavatest haigetest Inglismaal on vaktsineerimata. (2)

Siiski võib delta variant olemasolevast immuunsusest läbi murda. Indias haigestusid 30 ChAdOx1 (AstraZeneca vaktsiin, mida Indias turustatakse Covishield nime all) vaktsiiniga täielikult vaktsineeritud tervishoiutöötajat. Neilt isoleeritud viiruste sekveneerimisega osutusid suurem osa delta variandiks, kusjuures fülogeneetiline analüüs viitab, et 12 neist said nakkuse ühest ja samast allikast. Puuduvad andmed selle kohta, kas ja kui raskelt nakatunutel haigusnähud avaldusid (10).

Londoni hooldekodus AstraZeneca vaktsiiniga täielikult vaktsineeritud ning seejärel delta variandiga nakatunud 15 hoolealusest vajasid haiglaravi neli ja mitte ükski ei surnud. Indias Delhis haigestusid delta variandiga 33 täielikult vaktsineeritud hooldekodutöötajat ja mitte keegi neist ei põdenud raskelt (13).

Inglismaal korraldatud 1054 inimesega uuringus leiti, et kaks nädalat pärast teist vaktsiinidoosi oli Pfizeri vaktsiin oli 88% ja AstraZeneca vaktsiin 60% efektiivne delta variandi vastu. Ühe doosiga saadav kaitse oli siiski kehvem, mõlema vaktsiiniga oli kolm nädalat pärast esimest doosi kaitse ainult 33% (14).

Kokkuvõte

Kolmest tegurist, mis viiruse variandi muret tekitavaks lahterdavad (kiirem levik, raskema haiguse tekitamine ning olemasolevast immuunsusest läbi murdmine) on SARS-CoV-2 Indiast tulnud delta variandil selgelt olemas kaks esimest. Vaktsineerimisega saadud kaitsest see variant väga tugevalt läbi ei murra ja näib, et raskeid haigusjuhtusid suudab kahe doosiga vaktsineerimine hea tõhususega eemal hoida. Siiski kuna ühe doosiga vaktsineerimine suudab pakkuda vaid tagasihoidlikku kaitset, on oluline vaktsineerimiskuuri lõpule viimine. Iirimaa on delta variandi leviku tõttu juba lühendanud nii Pfizer/BioNTechi kui AstraZeneca vaktsiinide kahe doosi vahelisi intervalle.

Viited

1. Vaidyanathan G. Coronavirus variants are spreading in India — what scientists know so far. Nature. 2021;593:321-322. doi: 10.1038/d41586-021-01274-7.
2. Torjesen I. Covid-19: Delta variant is now UK's most dominant strain and spreading through schools. BMJ. 2021 Jun 4;373:n1445. doi: 10.1136/bmj.n1445.
3. Cherian S, et al. Convergent evolution of SARS-CoV-2 spike mutations, L452R, E484Q and P681R, in the second wave of COVID-19 in Maharashtra, India. BioRxiv. 2021, Apr 24. doi: 10.1101/2021.04.22.440932.
4. Mehta T, et al. Indian panel says global response needed to contain more infectious virus variant. Reuters. 2021, Jun https://reut.rs/3xijvba
5. Leung K, et al. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Euro Surveill. 2021 Jan;26(1):2002106. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106.
6. Public Health England. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 15. 2021 Jun 11. https://bit.ly/2RRrdtE
7. Hoffmann M, et al. SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination. 2021 May 05. doi: 10.1101/2021.05.04.442663.
8. Yadav PD, et al. SARS CoV-2 variant B.1.617.1 is highly pathogenic in hamsters than B.1 variant. 2021 May 05. doi: 10.1101/2021.05.05.442760.
9. Bradsher K. In China’s latest outbreak, doctors say the infected get sicker, faster. The New York Times. 2021 Jun 12. https://nyti.ms/3gxU66z
10. Ferreira I, et al. SARS-CoV-2 B.1.617 emergence and sensitivity to vaccine-elicited antibodies. BioRxiv. 2021 May 18. doi: 1101/2021.05.08.443253.
11. Wall EC, et al. Neutralising antibody activity against SARS-CoV-2 VOCs B.1.617.2 and B.1.351 by BNT162b2 vaccination. Lancet. 2021 Jun 3;S0140-6736(21)01290-3. doi: 10.1016/S0140-6736(21)01290-3.
12. Planas D, et al. Reduced sensitivity of infectious SARS-CoV-2 variant B.1.617.2 to monoclonal antibodies and sera from convalescent and vaccinated individuals. BioRxiv. 2021 May 27. doi: 10.1101/2021.05.26.445838.
13. How much should you worry about the “Indian variant”? Economist. 2021 May 14. https://econ.st/3iCEmlq
14. 14. Bernal JL, et al. Effectiveness of COVID-19 vaccines against the B.1.617.2 variant. MedRxiv. 2021 May 24. doi: 10.1101/2021.05.22.21257658.