Mida me teame omikroni BA.2 alavariandist?

Juba eelmise aasta lõpust jaguneb omikron kolme geneetilisse alaliini BA.1, BA.2 ja BA.3, viimast on maailmas leitud umbes 500 juhtu. Teise põlvkonna mutatsioonidega on esile kerkinud veel uus alavariant BA.1.1, mis näib mõnel pool jälle omakorda BA.2 välja tõrjuvat (1).

Kui omikroni BA.1 alavariandil on umbes 60 mutatsiooni, siis BA.2 alavariandil lausa ligi 85. BA.2 on sisuliselt BA.1 järglane ja sellele on pakutud mitmeid hüüdnimesid, näiteks „omikroni poeg“ või „vargus-omikron“. Mõned mutatsioonid BA.1 ja BA.2 juures on ühised, kuid BA.2-l puuduvad mõned BA.1 mutatsioonid ja on lisaks mõned täiesti ainuomased uued mutatsioonid (2). BA.2 ogavalku kodeerivas regioonis on 28 mutatsiooni (3).

Kui BA.1 variandil esineb deletsioon S-geenis (S:69/70 positiivne), mis lubas esialgse hinnangu (omikron vs delta) teha juba PCR-testidega, siis BA.2 alavariandil seda S-geeni deletsiooni pole (3). Seega näeb BA.2 PCR-testidel välja samasugune nagu delta ja sealt ka hüüdnimi „vargus-omikron“. Deltat ja BA.2 saab omavahel eristada vaid sekveneerimisega. Praeguseks on Eestis suurusjärgus 96% COVID-19 juhtudest põhjustatud omikroni poolt, seega laias laastus võib öelda, et PCR-testid aitavad omavahel peamiselt eristada BA.1 ja BA.2 alavariante.

BA.2 on esialgsest omikroni BA.1 variandist päris palju erinev – geneetiline erinevus on suurem kui näiteks viiruse originaalvariandi ja alfavariandi vahel. Kuna ka patogeneesi mõttes on alavariandid omavahel erinevad, on tehtud ettepanek, et BA.2 väärib oma eraldi tähte kreeka tähestikust (see oleks tõenäoliselt pii), et seda eristada omikroni BA.1 variandist (4). Maailma Terviseorganisatsioon ei ole siiski BA.2 murettekitava variandina määratlenud ega sellele uut kreeka tähestiku tähte omistanud (5).

WHO murettekitava variandi tunnuseid võib olla kolm: kiirem levik, varasemast immuunkaitsest läbi murdmine ning raskema haiguse tekitamine. BA.2 alavariandil on varasema BA.1 versiooniga võrreldes kindlalt olemas levikueelis. Immuunkaitse vältimise ja haiguse raskuse kohta on veel andmed vastukäivad.

Kiirem levik

Erinevad andmed mitmest riigist näitavad üheselt, et BA.2 alavariant on varasema BA.1 alavariandi ees selge levikueelisega (4, 6, 7). Alavariant saavutas domineeriva positsiooni esimesena Taanis (7), seejärel Inglismaal ja Indias. Hüpe levikukiiruses pole õnneks nii hiiglaslik nagu delta ja omikroni vahel (500% levikueelis). Inglismaal on leitud BA.2 126%-line levikueelis BA.1 ees (6), Jaapanis 1,4-kordne (140% suurem) nakkavus (4).

Perekondlike kontaktide puhul on samuti korduvalt näidatud BA.2 suuremat viiruse edasi andmise võimalust. Taani perekondade uuringus andis nakatunud inimene viiruse edasi BA.1 korral 29%-le ja BA.2 korral 39%-le oma pereliikmetest. Võrreldes BA.1 alavariandiga nakatas BA.2 rohkem nii vaktsineerimata (2,2 korda), kahe doosiga vaktsineeritud (2,5 korda) ja tõhustusdoosi saanud (3 korda) pereliikmeid (8). Inglismaa uuringus leiti, et kui BA.1 anti kodus edasi 10%-le, siis BA.2 13%-le pereliikmetest (6).

Taani uuringus selgus veel üks huvitav asjaolu: suurem peresisene nakkuse levik oli jälgitav siis, kui viiruse tõi koju vaktsineerimata inimene (2,6 korda suurem tõenäosus pereliikmete nakatamiseks kui BA.1 puhul). Kui esimene nakatunu peres oli vaktsineeritud kahe või kolme doosiga, levitas ta viirust oma pereliikmetele hoopis vähem kui BA.1 nakkuse korral (8).

Varasemaga võrreldes on BA.2 puhul poole päeva võrra lühem see aeg, mis kulub sümptomite tekkest esimesel nakatunul sümptomite tekkeks tema poolt nakatatud inimestel – kui BA.1 korral oli see keskmiselt 3,7 päeva, siis BA.2 korral 3,2 päeva. Mõlemad on lühemad kui delta 4,0 päeva (3).

Immuunkaitse vältimine

Hea uudis on see, et BA.1 ja BA.2 vahel ei ole suurt erinevust selle osas, kui palju nad vaktsiinidele alluvad ja pigem on BA.2 võime immuunkaitse alt välja libiseda isegi väiksem BA.1 puhul. Üle 25 nädala möödumisel teisest doosist oli vaktsiinide tõhusus sümptomaatilise BA.1 eest kaitsmisel 10% ja BA.2 puhul 18%. Kolmanda doosiga tõusis efektiivsus 69% ja 74%-ni vastavalt BA.1 ja BA.2 korral ning enam kui kümne nädala möödumisel tõhustusdoosist langes kaitse 49% ja 46%-ni (9).

BA.2 suudab korduvalt nakatada neid, kes on covidit varem põdenud, olgu siis alfa- või deltavariandiga. Inglismaal leiti, et 3581 BA.2 nakatunust 274 (8%) olid tõenäoliselt reinfektsioonid. Ajaline intervall episoodide vahel oli 91-664 päeva, mediaan 358 päeva (3).

Omikroni BA.1 ja BA.2 alavariante eristavatest 20 mutatsioonist vaid vähemus paikneb genoomi selles piirkonnas, mis on oluline antikehadele äratuntavuse jaoks. Bioloogiliselt on seega alust arvata, et varem omikroni põdenuid BA.2 enam ei nakata, kuigi see pole päriselt ka välistatud (4). Loomkatses tõesti BA.2-ga nakatatud loomad suutsid omakorda nakatada deltat põdenud, kuid mitte BA.1 põdenud hamstreid (10).

Inglismaal ei ole BA.1 põdemisele järgnevat BA.2 nakkust leitud (3). Taani reinfektsioonide uuringus leiti, et 187 korduvnakatumisest 47 olid sellised, kus lühikese aja jooksul pärast BA.1 nakkuse läbi tegemist tekkis BA.2 nakkus. Enamasti oli tegemist noorte vaktsineerimata inimestega, kelle haigus oli kerge ja kes ei vajanud hospitaliseerimist. Seega on korduvnakatumine võimalik, kuid haruldane (11).

Haigus

Varased andmed Taanist näitasid, et haiguse raskuse osas BA.1 ja BA.2 omavahel oluliselt ei erine (7). Ka Inglismaal ja LAV-s ei leitud, et hospitaliseerimise risk alavariantide vahel erineks (10, 12). Taanis, kus BA.2 domineerib ja nakatunuid on palju, on intensiivravi vajadus tõusuteel, samal ajal Inglismaal sarnast trendi selgelt näha pole (13).

Natuke ettevaatlikuks muudavad prekliiniliste uuringute tulemused. Katseklaasis nakatab BA.2 kopsurakke rohkem kui BA.1 (4). Rakukultuurides on BA.2 enam fusogeenne kui BA.1. Fusogeensus ehk süntsüütsiumi tekitamise võime on osade viiruste omadus, mille korral mitmed nakatunud inimkeha rakud liidetakse omavahel kokku üheks hulktuumseks rakuks ehk mitme tuumaga känkariks, mille nimi on süntsüütsium. Süntsüütsium muutub uute viiruskoopiate tootmise suureks masinavärgiks. Fusogeensus on SARS-CoV-2 oluline patogeneesimehhanism, mida fusogeensem ehk süntsüütsiumi tekitavam viirus, seda raskema haigusega see seotud on. Näiteks delta on väga hea fusogeensusega (4).

Loomkatsetes on näidatud, et hamstritel ja hiirtel tekitab BA.2 tõsisemat haigust kui BA.1 – nad jäävad rohkem haigeks, kaotavad rohkem kehakaalu ja neil tekib tõsisem kopsukahjustus (4). Samas on Londoni teadlaste katsetes hamstritel tekkinud ühesugune kerge haigus nii BA.1 kui BA.2 korral (10).

Ravimid

Omikron on monoklonaalsete antikehade suhtes väga vastupidav – sisuliselt ainus antikeharavim, mis omikroni vastu aktiivsust väga oluliselt kaotanud ei ole, on sotrovimab. Varased laboriandmed viitavad, et BA.2 võib juba ka sotrovimabi kasutuks muuta. In vitro on sotrovimabi võime BA.2 viirust neutraliseerida oluliselt kukkunud, kuid mitte täielikult kadunud (14).

USA-s on erakorralise heakskiidu saanud kasutamiseks uus monoklonaalne antikeharavim bebtelovimab, mis tõmbab laborikatsetes pidurit nii omikroni BA.1 kui ka BA.2 variantidele (14).

Muud ravimigrupid – viirusevastased ravimid ja kortikosteroidid – peaksid BA.2 suhtes olema sarnase aktiivsusega nagu varasemate variantide korral.

Kokkuvõte

Omikroni alavariant BA.2 on varasema BA.1 suhtes selge levikueelisega, kuid allub jätkuvalt vaktsineerimisest saadud kaitsele ja võib-olla isegi natuke paremini kui BA.1. Hea kaitse nõuab kolme vaktsiinidoosi. Korduvnakkusi tekitab BA.2 varem põdenutele vabalt, välistatud ei ole ka juba omikroni põdenute korduv nakatumine BA.2-ga. Alavariantide erinevus haiguse raskuse osas ei paista olevat suur.

Praegu eeldatakse, et BA.2 ei tekita kuskil uut omikroni lainet, küll aga võib see pidurdada juba praegu tekkinud langust nakatumiskõveras.

Viited

1. https://outbreak.info/
2. https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/359
3. UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 36. 11 February 2022. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1056487/Technical-Briefing-36-22.02.22.pdf
4. Yamasoba D, et al. Virological characteristics of SARS-CoV-2 BA.2 variant. bioRxiv. 2022 Feb 15. doi: 10.1101/2022.02.14.480335. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.14.480335v1
5. World Health Organization. Statement on Omicron sublineage BA.2. 2022 Feb 22. https://www.who.int/news/item/22-02-2022-statement-on-omicron-sublineage-ba.2
6. UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 35. 28 January 2022. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1050999/Technical-Briefing-35-28January2022.pdf
7. Statens Serum Institut. Now, an Omicron variant, BA.2, accounts for almost half of all Danish Omicron-cases. 2022 Jan 20. https://en.ssi.dk/news/news/2022/omicron-variant-ba2-accounts-for-almost-half-of-all-danish-omicron-cases
8. Lyngse FP, et al. Transmission of SARS-CoV-2 Omicron VOC subvariants BA.1 and BA.2: Evidence from Danish Households. medRxiv. 2022 Jan 30. doi: 10.1101/2022.01.28.22270044. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.28.22270044v1
9. UK Health Security Agency. COVID-19 vaccine surveillance report. Week 8. 24 February 2022. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1057599/Vaccine_surveillance_report_-_week-8.pdf
10. UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 37. 25 February 2022. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1057359/Technical-Briefing-37-25February2022.pdf
11. Stegger M, et al. Occurrence and significance of Omicron BA.1 infection followed by BA.2 reinfection. medRxiv. 2022 Feb 22. doi: 10.1101/2022.02.19.22271112. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.19.22271112v1
12. Wolter N, et al. Clinical severity of Omicron sub-lineage BA.2 compared to BA.1 in South Africa. medRxiv. 2022 Feb 19. doi: 10.1101/2022.02.17.22271030. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.17.22271030v1
13. https://ourworldindata.org/coronavirus