Esile on kerkinud mitu uut koroonaviiruse tüve, Inglismaal avastatud tüvi võib muutuda globaalselt domineerivaks

Kõige rohkem tähelepanu on saanud Inglismaal avastatud tüvi B.1.1.7, mis on juba jõudnud levida üle kogu maailma ja millest oletatakse uut globaalselt domineerivat tüve. B.1.1.7 kannab ebatavaliselt suurt hulka mutatsioone – lausa 23, neist vaid kuus on „vaiksed“ ja 17 muudavad viiruse üht või teist omadust. Olulisemad neist on N501Y mutatsioon, mis muudab ogavalgu retseptoriga seonduvat domääni, suurendades selle afiinsust inimese AKE2-retseptoriga seondumisel. Ogavalgu deletsioon 69-70del mõjutab viiruse võimet inimese immuunvastuse eest peituda. Tüvi tuvastati esmakordselt 20. septembril Kentis ja 21. septembril Londonis (1). Kui oktoobri alguses oli uue tüve arvel vaid 0,1%, siis novembri alguses juba 28% uutest nakatumistest Londonis – seega suurte lennupiirangute ajaks oli ligi kolmandik nakkustest juba uue nakkusohtliku tüve tekitatud. Detsembri esimeseks nädalaks oli B.1.1.7 tekitatud 62% uutest nakatumistest ja praegu tõenäoliselt juba üle 90% (2, 3).

B.1.1.7 on 70-80% nakkavam kui SARS-CoV-2 varasemad variandid (2). Lisaks AKE2- retseptoriga tugevamini seondumisele on uue tüvega nakatunute ülemistes hingamisteedes ka oluliselt kõrgem viiruskoormus (4). Lisaks nakatab B.1.1.7 alla 20-aastaseid sagedamini kui varasemad SARS-CoV-2 variandid (5). Ei ole aga leitud, et uus tüvi raskemat haigust põhjustaks, selle ohtlikkus seisneb eeskätt just kiires levikus. Londonis on nakkuse kiirenenud leviku tulemused juba nähtavad, mitmed intensiivraviosakonnad on COVID-19 haigeid täis ja tervishoiusüsteem on kohati kollabeerumas.

Praeguseks on viiruse B.1.1.7 tüvi jõudnud kogu maailma; uue tüve leidmisest on teatanud vähemalt 40 riiki, sealhulgas erinevad Euroopa maad (meile lähimad Rootsi ja Soome), Austraalia, Lõuna-Ameerika riigid, USA ja Kanada, Kagu-Aasia riigid (Hong Kong, Lõuna-Korea, Singapur ja Taiwan), Lähis-Ida ja India.

Samuti leiti oktoobris uus, Inglismaa omast sõltumatuna esile kerkinud tüvi Lõuna-Aafrika Vabariigis. LAV tüvel on samuti mitmeid uusi mutatsioone, kusjuures Inglismaa omaga täpselt sama N501Y mutatsioon, mille järgi on LAV tüvele antud tähistus 501.V2 (6). See on hinnanguliselt 50% nakkavam kui „tavaline“ SARS-CoV-2. Detsembri keskel oli 501.V2 juba Lõuna-Aafrika Vabariigi rannikualadel domineeriv tüvi. Seda viiruse varianti on isoleeritud Jaapanis, Austraalias, Suurbritannias ja Šveitsis (3).

Kolmas uus tüvi, mis erineb omakorda Inglismaa ja Lõuna-Aafrika Vabariigi omadest, on tuvastatud Nigeerias. Nigeeria on Aafrika kõige suurema rahvastikuga riik, kus elab 200 miljonit inimest. Seal on COVID-19 juhtusid seni olnud vähem kui mujal Aafrikas, aga detsembrist on juhtude arv hakanud järsult tõusma (7).

Kuigi juba esialgu oletati, et uute tüvede tõttu ei pea COVID-19 vastu suunatud vaktsiine nurka viskama, on sellele juba ka esimene kinnitus. Lugemiseks on üles pandud eelretsenseerimata töö, mis näitab selgelt, kuidas Pfizer/BioNTechi vaktsiin tekitab piisavalt laia immuunvastuse, et takistada nii Inglismaal kui Lõuna-Aafrika Vabariigis ilmunud tüvedega nakatumist. Täpsemalt suutsid 20 vaktsineeritud inimeselt kogutud seerumid in vitro neutraliseerida N501Y mutatsiooni omavat pseudoviirust (8).

1. Wise J. Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ. 2020 Dec 16;371:m4857. doi: 10.1136/bmj.m4857.
2. Leu K, et al. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Euro Surveill. 2021 Jan;26(1). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106.
3. SARS-CoV-2 is following the evolutionary rule book. The Economist. 2021 Jan 2.
4. Kidd M, et al. S-variant SARS-CoV-2 is associated with significantly higher viral loads in samples tested by ThermoFisher TaqPath RT-QPCR. medRxiv. doi: 10.1101/2020.12.220248834.
5. Volz E, et al. Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: Insights from linking epidemiological and genetic data. medRxiv. doi: 10.1101/2020.12.30.20249034.
6. Tegally H, et al. Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv. doi: 10.1101/2020.12.21.20248640.
7. Another New Coronavirus Variant Found in Nigeria, Says Africa CDC - Medscape - Dec 24, 2020.
8. Xie X, et al. Neutralization of N501Y mutant SARS-CoV-2 by BNT162b2 vaccine-elicited sera. bioRxiv. doi: 10.1101/2021.01.07.425740.